通过能量景观地图绘制和突变验证，快速预测二十面体病毒壳自组装的关键热点相互作用
摘要：预测和验证病毒衣壳组装过程中VP单体之间的原子热点相互作用对3种二十面体病毒衣壳的组装至关重要。实验验证是通过文献中的体外定向突变数据进行的。我们结合了两个尺度的从头预测：在界面尺度上，我们预测了对于VP单体之间的成功亚组装来说相互作用的重要性；在衣壳尺度上，我们预测了对于成功组装衣壳来说界面的重要性。在界面尺度上，当一个相互作用被移除时，我们通过衡量衣壳自由能景观的配分函数的变化来衡量重要性。配分函数计算是通过新颖几何方法和开源软件EASAL（高效的构装景观化和检索）快速生成的界面亚组装景观的地图集。在衣壳尺度上，界面对于衣壳成功组装的重要性基于组合熵。我们的研究从计算预测到实验证实了关键热点原子间的相互作用，以有效地缩小目标相互作用，（每个界面在搭载英特尔Core i5-2500K 3.2Ghz CPU和8GB RAM的笔记本电脑上不超过1.5小时），我们的预测可以为耗时的体外和体内实验或更复杂的计算分析提供信息并减少时间。
作者：Ruijin Wu, Rahul Prabhu, Aysegul Ozkan, Meera Sitharam
论文ID：2001.00316
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2021-01-27