使用生物信息学分析鉴定与肺鳞状细胞癌机制和预后相关的关键基因
摘要：肺鳞状细胞癌 (LUSC) 通常被诊断为晚期且预后不良。其发病机制和预后的机制需要紧急阐明。本研究旨在筛选与LUSC发生、发展和预后相关的潜在生物标志物，以揭示未知的生理和病理过程。使用生物信息学分析，分析了来自GEO和TCGA数据库的肺鳞状细胞癌微阵列数据集，以鉴定差异表达基因(DEGs)。此外，整合蛋白质相互作用(PPI)和WGCNA网络分析，以鉴定与LUSC发展过程密切相关的关键基因。此外，进行了生存分析，以建立一个预后模型，实现高水平的预测准确性。鉴定了85个上调基因和39个下调基因，并对其进行了功能和通路富集分析。GO分析表明上调基因主要富集在表皮发育和DNA复制中的DNA解旋。下调基因主要参与细胞粘附、信号转导和炎症反应的阳性调节。经过PPI和WGCNA网络分析，发现包括AURKA、RAD51、TTK、AURKB、CCNA2、TPX2、KPNA2和KIF23在内的八个基因在LUSC发展中发挥重要作用。预后模型包含20个基因，其中18个对预后不利。建立的预后模型用于预测1、3和5年患者的生存，其AUC分别为0.828、0.826和0.824。总之，这项研究鉴定了一些具有重要意义的生物标志物，可以进一步研究肺鳞状细胞癌的治疗和预后方法。
作者：Miaomiao Gao, Weikaixin Kong, Zhuo Huang and Zhengwei Xie
论文ID：1911.05621
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2019-11-14