利用生化和生物物理特性对齐多个蛋白质结构
摘要：通过对齐多个蛋白质结构，可以获得关于相关蛋白质之间的结构相似性的有价值信息，并为同一个蛋白质家族中的蛋白质之间的进化关系提供洞察力。我们开发了一种使用生化和生物物理特性（包括扭转角、二级结构、疏水性和表面可及性）对齐多个蛋白质结构的算法（msTALI）。该算法是一种受多序列对齐中流行技术启发的渐进式对齐算法。它在对酸性和碱性激酶家族一组蛋白质的主要结构区域进行对齐方面取得了成功。该算法还成功地对齐了这些蛋白质的功能性残基。此外，该算法还成功地对齐了酰基载体蛋白家族的七个成员，包括实验得到的结构和计算建模的结构。
作者：Paul Shealy, Homayoun Valafar
论文ID：1911.02406
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2019-11-07