带电本征无序蛋白质序列特异性二进制模糊复合物的分析理论
摘要：无序蛋白质（IDPs）在生物功能中起着重要作用。与折叠蛋白质相比，某些IDPs之间的分子识别是“模糊的”，即它们的结合和/或相分离是由相互作用的IDPs的氨基酸序列随机控制，而它们组装的构象仍然是无序的。为了帮助阐明这种迷人但鲜为人知的现象的基本方面，本文使用聚类展开式统计力学模拟了由聚离子IDPs组成的同型或异型二聚体的结合过程。我们发现，在模型中，二元模糊复合物的结合亲和力与新推导出的简单“jSCD”参数强相关，该参数可以从IDPs序列的电荷模式中容易地计算得到。我们的解析理论预测与粗粒化显式链模拟的结果基本一致。这种计算效率高的理论框架预计将广泛适用于理解和预测特定序列的IDP-IDP聚电解质相互作用。
作者：Alan N. Amin, Yi-Hsuan Lin, Suman Das, Hue Sun Chan
论文ID：1910.11194
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2020-08-10