CD44可变剪接是肿瘤内基因内DNA甲基化的传感器
摘要：meDNA调节剪切方式，而剪切方式与肿瘤形成的关系几乎与DNA突变一样频繁。然而，meDNA通过对剪切的影响对肿瘤发生的影响尚未得到彻底探索。在这项研究中，我们发现DNMT1和DNMT3b基因甲基转移酶缺乏功能的HCT116结肠癌细胞经历了部分上皮向间充质转化（EMT），并与CD44跨膜受体的剪切方式变异相关。CD44变异外显子的切除部分原因是由于剪切和染色质因子的表达或剪切发生了改变。通过暂时剥夺DNMT1和甲基结合基因MBD1、MBD2和MBD3的功能，验证了meDNA对剪切方式的直接影响。然而，位点内meDNA的改变也改变了MBD1蛋白和染色质因子HP1γ的结合情况，后者改变了转录崩解和剪切决策。我们进一步测试了meDNA水平是否对剪切方式的结果具有足够强的直接影响，以在MCF10A乳腺癌进展模型和急性淋巴细胞性白血病（B ALL）患者中具有预测价值。我们发现少数几个在剪切和信号转导中起作用的不同剪切基因与局部meDNA显著相关。总之，尽管DNA甲基化对剪切方式有多个途径的影响，但其间接效应也可能通过这些meDNA敏感分子的剪切方式变异来介导。
作者：Eric Batsch''e, Oriane Mauger, Etienne Kornobis, Benjamin Hopkins, Charlotte Hanmer-Lloyd, Christian Muchardt
论文ID：1910.11180
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2019-10-25