模型论方法的模块化实现及其在生物系统中的应用
摘要：称为"信号传递途径"的通信机制的定义和表示的基础上，我们提出了一种基于系统组件的行为的逻辑规范方法，并且描述了这些途径对系统的不同行为和效果（语义）的变化。我们展示了如何通过信号传递途径来丰富原始组件的行为。这有可能实现对系统作为一个整体的性质进行形式化证明，或者对通信模块系统可能不满足所需规范的原因进行形式化诊断，以及如何修复。在我们的观点中，这个过程包括五个不同的阶段：1. 在潜在模块连接水平上描述潜在组件之间的连接关系。2. 选择具体的模块。3. 对不同模块之间的连接进行扩展，使其成为不同模块成员之间的连接。4.描述连接的语义（其实际功能）。5. 对在步骤2中选择的模块进行填充，以允许连接的作用（步骤3）如步骤4所述。该形式化方法是完全分层的--也就是说，该方法对于整个系统，每个模块，以及原始系统作为组件的任何更大系统都适用。事实证明，出于某种原因—也许是在合适的抽象层面上进行优化的进化优势—许多生物系统在分层模块下是具有层次性的，并通过各种途径进行通信。因此，类似于此处所提出的方法可能在生物学领域有应用。
作者：Leo Marcus
论文ID：1907.05529
分类：Other Quantitative Biology
分类简称：q-bio.OT
提交时间：2019-09-09