信息谱方法在小分子和靶标识别中的应用
摘要：在药物发现中，目前针对受体-配体相互作用的研究方法基于受体和配体表面的三维互补性，包括药效团建模、QSAR、分子对接等。这些方法只考虑短程分子相互作用（距离<5A），而不考虑长程相互作用（距离>5A），这些相互作用对生物化学反应的动力学至关重要，因为它们影响着相互作用分子之间的有效碰撞次数。之前的研究表明，电子-离子相互作用势（EIIP）代表了决定生物分子长程特性的物理性质。这种分子描述符被用作信息光谱方法（ISM）发展的基础，该方法是一种用于研究蛋白质相互作用的虚拟光谱方法。在本文中，我们提出了一种将小分子视为线性实体的新方法，允许通过ISM研究小分子与蛋白质的相互作用。我们在这里分析了21组KEGG药物-蛋白质相互作用，并显示出这种新方法能够有效区分活性和非活性配体，并与其靶标蛋白的氨基酸（AA）结合位点一致。
作者：Milan Sencanski, Neven Sumonja, Vladimir Perovic, Sanja Glisic, Nevena Veljkovic, and Veljko Veljkovic
论文ID：1907.02713
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2020-04-16