AmoebaContact和GDFold：一种快速预测蛋白质结构的新流程
摘要：使用蛋白质的氨基酸序列可以预测残基之间的原生接触，并且预测的接触信息可以辅助去新颖蛋白质结构预测。在这里，我们提出了一种新的流程，将残基接触预测器AmoebaContact和接触辅助文件夹GDFold结合起来，用于快速蛋白质结构预测。与利用人工设计的神经网络的主流接触预测器不同，AmoebaContact采用一组通过自动搜索找到的最优接触预测网络结构，并在一系列截断值上预测残基接触。与常规的接触辅助文件夹不同，GDFold在可微分损失函数中考虑AmoebaContact的预测结果中的所有残基对，并使用梯度下降算法优化原子坐标。AmoebaContact和GDFold的组合可以快速重构蛋白质结构，并且与最先进的蛋白质结构预测方法有着可比较的模型质量。
作者：Wenzhi Mao, Wenze Ding and Haipeng Gong
论文ID：1905.11640
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2019-05-29