蛋白质的变构和结合引起的构象变化：一种高维几何方法
摘要：配体结合蛋白具有调控和进化的潜力是一种常见现象，越来越多的实验证据证明了这一点。此外，这些蛋白通常在结合后会改变构象。O. Rivoire最近提出了一种解释这些特性的进化场景，认为这是在非常相似的配体之间进行精确辨别的选择附带产生的。最初的观点得到了两类基本示例的支持：具有少量自由度的连续蛋白质模型，肯定了构象开关的发展；以及一个支持其他观点的二维自旋玻璃模型。本研究旨在阐明对具有大量自由度的平滑模型，即更接近真实生物系统的情况下，精确辨别的含义。利用微分几何、喷流空间分析和横截性定理，证明了该观点对于任何可以用平滑流形描述的通用柔性系统都是成立的。结果表明，确实存在对精确辨别问题的进化解决方案，且这些解决方案位于适当基因型空间的余维1子空间附近。这种限制反过来通过结合后的通用构象变化为促使调控精确辨别提供了潜力。
作者：Anton S. Zadorin
论文ID：1905.02815
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2019-05-09