HIV-1病毒循环复制：RNA聚合酶II转录、选择性剪接和蛋白质合成的综述
摘要：HIV病毒复制是一个关于时间的过程，包括几个阶段。聚焦于核心步骤，早期阶段RNA聚合酶II转录具有含有调节蛋白（如nef、tat、rev、vif、vpr、vpu）的pre-mRNA，这些蛋白通过剪接体复合物（0.9kb和1.8kb）完全剪接，并导出到核糖体进行蛋白质合成。这些剪接和导出过程受tat蛋白调控，该蛋白结合在转活化响应（TAR）元件上，以及受rev蛋白调控，该蛋白结合到反应性Rev元件（RRE）上。只要这些调节因子被合成，剪接就会逐渐受到抑制（从4.0kb到9.0kb），mRNA会被翻译成结构和酶蛋白（env、gag-pol）。在这个RNAPII扫描和剪接过程中，大约产生了40种不同的多元激素mRNA。长读取测序已经应用于HIV-1病毒基因组（HXB2CG型）和HIV.pro软件，这是一种用于模拟病毒复制周期、特别是RNAPII转录、外显子/内含子剪接和核糖体蛋白质合成的Fortran 90代码，包括在gag/pol基因中的框移和在env基因中的核糖体停滞。所有HIV-1病毒蛋白都已经被鉴定，其他开放阅读框（ORFs）也被发现。观察到，tat/rev蛋白调节因子的长度取决于剪接剪切位点：tat蛋白的长度从224aa变化到最后的72aa，而rev蛋白的长度从25aa变化到27aa，最大为119aa。此外，有几个编码小肽链sPEP（小于10个氨基酸）和其他未确定功能的蛋白的ORFs已经被定位。对HIV病毒复制和病毒蛋白质组学的详细分析对于确定巨噬细胞呈现给CD4细胞的抗原、定位反应性表位或创建转移载体以开发新的HIV疫苗和有效治疗方法非常重要。
作者：Miguel Ramos Pascual
论文ID：1903.05067
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2020-04-03