BOAssembler：一种用于改进RNA-Seq组装性能的贝叶斯优化框架
摘要：使用高通量测序技术对RNA进行测序（RNA-Seq）可以为我们提供来自样本中数百万个RNA转录本的短片段。如何更好地从这些片段中恢复原始的RNA转录本（RNA-Seq组装）仍然是一项困难的任务。例如，RNA-Seq组装工具通常需要进行超参数调整才能在特定数据集上获得良好的性能。这种调整通常是不直观且耗时的。因此，用户经常使用默认参数，这不能保证在各种数据集上具有一致的良好性能。 在这里，我们提出了BOAssembler（https://github.com/olivomao/boassembler），这是一个基于贝叶斯优化原理的框架，可以实现RNA-Seq组装器的端到端自动调优。实验证明，这种数据驱动的方法对于提高总体组装性能是有效的。这种方法对于下游分析（如基因、蛋白质、细胞）以及更广泛地用于未来生物信息学基准研究将非常有帮助。
作者：Shunfu Mao and Yihan Jiang and Edwin Basil Mathew and Sreeram Kannan
论文ID：1902.05235
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2019-02-15