DNA甲基化动力学的混合HMM方法
摘要：控制表观遗传变化的机制的理解是现代功能生物学中的重要研究领域。DNA甲基化等表观遗传修饰在多个细胞分裂中通常是非常稳定的。然而，即使在非分裂（即不复制）的细胞中，DNA甲基化也可能在短时间内经历特定和快速的变化。这种动态的DNA甲基化变化是由主动去甲基化和新甲基化过程的组合引起的，这些过程尚未在综合模型中得到研究。在这里，我们提出了一个混合（隐性）马尔可夫模型，用于描述（短期）时间尺度上的甲基化和去甲基化循环。我们的混合模型描述了在确定点发生的几个分子事件（即仅发生在细胞分裂期间的机制）和其他事件发生在随机的时间点上。我们使用经过时间解析的数据在小鼠胚胎干细胞上测试我们的模型。我们预测甲基化变化并估计与DNA甲基化和去甲基化相关的不同修饰步骤的效率。
作者：Charalampos Kyriakopoulos, Pascal Giehr, Alexander L"uck, J"orn Walter, Verena Wolf
论文ID：1901.06286
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2019-01-21