微生物基因组网络门户的比较
摘要：微生物基因组网络门户具有广泛的功能，可以满足科学家的信息查找和分析需求。本文比较了主要微生物基因组网络门户的功能，以帮助研究人员确定哪个门户最适合解决他们的信息查找和分析需求。我们评估了BioCyc、KEGG、Ensembl Bacteria、KBase、IMG和PATRIC的生物信息学工具和数据内容。对于每个门户，我们的评估比较并点计可用的功能。BioCyc的优势包括它的基因组和代谢工具、多搜索功能、基于表格的分析工具、调控网络工具和数据、组学数据分析工具、广泛的数据内容和大量的策划数据。KEGG的优势是其基因组和代谢工具。Ensembl Bacteria的优势是其基因组工具和大量的基因组。KBase的优势是其基因组工具和代谢模型。IMG的优势包括其基因组工具、多搜索功能、大量的基因组、基于表格的分析工具和广泛的数据内容。PATRIC的优势包括其大量的基因组、基于表格的分析工具、代谢模型和广泛的数据内容。
作者：Peter D. Karp, Natalia Ivanova, Markus Krummenacker, Nikos Kyrpides, Mario Latendresse, Peter Midford, Wai Kit Ong, Suzanne Paley, and Rekha Seshadri
论文ID：1810.12860
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2018-10-31