CTCF降解导致小鼠胚胎干细胞中上游外显子的增加使用
摘要：转录抑制因子CTCF是染色质三维结构的重要调节因子，促进了拓扑关联域（TAD）的形成。然而，它对基因调控的直接影响尚不为人所了解。在这里，我们利用先前发表的ChIP-seq和RNA-seq数据调查CTCF对带有CTCF位点的基因的可变剪接的影响。我们比较了CTCF在小鼠胚胎干细胞中引起的辅助激素诱导降解后，结合位点上下游外显子的RNA-seq信号数量。我们发现，CTCF消耗后基因表达的变化是显著的，上游外显子的存在增加了。我们推测，CTCF结合可能通过在转录机制中引起停顿，使剪接元件能够同时作用于已经转录为RNA的上游外显子，从而对可变剪接做出贡献的一种可能机制。
作者：Boyi Yang, Nabil Aounallah
论文ID：1810.03205
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2018-10-09