SSCU：一个用于分析同义密码子使用中选择性模式的R/Bioconductor软件包
摘要：选择同义密码子主要受突变和选择的影响。对于基因组中的大多数基因来说，突变压力是主要驱动力，但对于特定一组基因或密码子来说，选择力可能强而占主导地位。具体而言，翻译效率和准确性方面的选择力随着基因的表达水平增加。已经开发了许多统计方法来评估和量化密码子使用中的选择特点，包括S指数和Akashi的检验，但还没有开发出包括这些测试并自动计算的程序或流程。 本研究发布了一个名为SSCU（选择强度的密码子使用，v2.4.0）的R包，其中包括密码子使用分析工具。该包使用两种方法（比较和相关方法）来确定最佳密码子，并实施了用于检测密码子选择的经过良好验证的统计方法，例如S指数、Akashi的检验，并估计了标准基因组统计量，如基因组GC3、RSCU和Nc。 该包对从事密码子使用分析的研究人员非常有用，因此对生物研究社区具有一般兴趣。该包已经在Bioconductor网站上存档和编辑，并且目前已经被下载了超过2000次，并排名在前50%的软件包之中。
作者：Yu Sun and Siv G.E. Andersson
论文ID：1808.07259
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2018-08-23