生物复合物机械解离中位偶极矩的作用
摘要：蛋白质-肽相互作用在许多细胞过程中发挥着重要作用，对其结构的表征是当前实验和理论研究的主要焦点。二十年前，提出使用受控分子动力学来评估蛋白质-肽相互作用的强度。使用受控分子动力学模拟的原理是机械稳定性可以作为一种有希望和高效的替代方法，用于计算上高度要求的结合亲和力估计。然而，机械稳定性定义为拉力-延伸曲线中的峰值取决于拉动方向的选择。在这里，我们提出了一种不常见的拉动方向选择，沿着结果偶极矩向量，这在模拟中尚未被探索。使用显式溶剂全原子MD模拟，我们应用受控分子动力学技术来探索沿两个不同向量拉伸的蛋白质-肽系统的机械抗性。新的拉伸方向，沿着结果偶极矩向量，与通常使用的肽解离沿质心向量相比产生更大的力。我们的结果表明，结果偶极矩是影响蛋白质-肽复合物机械稳定性的因素之一。
作者：Maksim Kouza, Anirban Banerji, Andrzej Kolinski, Irina Buhimschi and Andrzej Kloczkowski
论文ID：1808.03540
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2018-08-13