OLGA：B细胞和T细胞受体氨基酸序列和模体生成概率的快速计算
摘要：预测具体核苷酸序列的T和B细胞受体的V(D)J重组生成概率是一项重要任务。现有的方法可以进行高通量测序，但是只能在核苷酸水平上进行概率预测，而不能在氨基酸水平上进行预测。本文提出了一种名为OLGA的动态规划算法，可以计算特定CDR3氨基酸序列或模体的生成概率，同时考虑V/J限制。我们应用该算法对特异性T细胞受体数据库进行分析，评估典型人体是否具有应对特定疾病相关抗原的T细胞。模型预测结果与已发表数据非常吻合。我们认为OLGA可能是指导疫苗设计的有用工具。
作者：Zachary Sethna, Yuval Elhanati, Curtis G. Callan Jr., Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
论文ID：1807.04425
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2020-11-20