蛋白质的慢正常模式在不同平台上被准确地重现
摘要：蛋白质数据库（PDB）包含超过105个生物分子的原子结构，分辨率优于2.8A。列出的每个大分子的原子身份和坐标允许分析这些大系统对细微扰动的缓慢时间振动响应。单个振动模式的3D视频动画演示了区域如何相互交织形成凝聚的集体运动，为整体3D体系结构提供了全面的框架和熟悉。此外，隐含和表示最软、最慢的变形坐标为酶功能的机械模型的发展提供了机会。因此，特征向量分解必须准确、可靠且快速才能普遍报道。我们使用完全或部分还原的原子集、笛卡尔或内部坐标、从完整的笛卡尔势、还原的原子势或高斯距离依赖势获得了一个1.2A 34kDa的PDB条目的特征向量；并使用独立开发的软件。这些不同的技术相似之处在于每个都通过使用二面角自由度（冻结键长和键角）或者使用包括现实键长和角度约束的全原子势来维持正确的立体化学。我们发现最慢特征向量的形状几乎相同，而不仅仅是类似。
作者：Hyuntae Na, Daniel ben-Avraham, Monique M. Tirion
论文ID：1806.10656
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2018-12-05