利用变分自编码器设计金属蛋白和新型蛋白质折叠
摘要：使用变分自动编码器条件生成蛋白质序列，以实现蛋白质设计和深度学习的结合。通过在不需要人工干预的情况下向非金属结合蛋白质添加铜和钙结合位点，并与隐马尔科夫模型进行比较。另外，开发了一种蛋白质结构语法，并用于生成一种新的蛋白质拓扑结构的序列。通过分子动力学模拟，发现其中一个候选结构是稳定的。我们的模型能够限制蛋白质序列的广大搜索空间，并且易于扩展，在各种蛋白质设计任务中具有潜在的辅助作用。
作者：Joe G Greener, Lewis Moffat, David T Jones
论文ID：1806.09900
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2018-11-07