基于Next Generation Sequencing的基因型组装使用矩阵补全
摘要：应用矩阵补全方法进行基因型组装，开发了新的HapSVT，HapNuc和HapOPT算法。通过将读取数据转换为不完整的矩阵并估计未知分量来实现此过程。然后对完成的矩阵进行量化和解码以估计基因型。使用模拟数据和真实的fosmid数据将这些算法与最先进的算法进行比较。结果显示，HapOPT算法的SNP丢失率和单倍型块长度优于HapCUT2，并具有可比的重建率和切换错误率的精度。在MATLAB中实现了这些算法的程序，可以在https://github.com/smajidian/HapMC上免费获取。
作者：Sina Majidian and MH Kahaei
论文ID：1801.09864
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2020-06-19