细菌基因组中的通用和个体特征长度
摘要：细致物质物理学中，通过对系统的某一特征长度进行粗粒化描述，可以得到简化的描述。这个特征长度定义为超过该长度时，某些属性不再具有相关性。从物理学角度来看，在体外DNA的特征长度为300个碱基对（bp），即迈出这个长度，分子取向的相关性通常会丢失。从生物学角度来看，在体内DNA的特征长度为1000个bp，即基因的典型长度。由于细菌生活在非常不同的物理化学条件下，并且它们的基因组缺乏平移不变性，是否存在更大的、普遍的特征长度是一个非平凡的问题。在本文中，我们通过利用公共数据库中大量完全测序的基因组来研究这个问题。通过分析GC含量的相关性和基因上下文（合成）在数百个细菌染色体中的进化保守性，我们得出结论，可以定义一个基本的特征长度约为10-20 kb。这个特征长度体现了参与基因表达协调的基本结构，几乎存在于所有细菌的基因组中。从技术上讲，为了得出这个结论，我们需要采用对较大特异基因组特征不敏感的方法，这些特征可能同时存在于这些基本的普遍结构中。
作者：Ivan Junier, Paul Fr''emont, Olivier Rivoire
论文ID：1801.07585
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2018-04-18