儿童脑肿瘤全层切片图像微血管密度的自动量化
摘要：脑肿瘤和肿瘤学中，血管生成是肿瘤进展、诊断和治疗的关键现象。目前，精确、直接的定量评估只能在免疫染色的整个组织切片上进行，以显示血管内皮细胞。然而，这对病理学家来说是一项艰巨的任务，对计算机来说也是一个挑战，因为数字化的整个组织切片，即全切片图像（WSI），通常包含大约10亿像素。 我们定义并实施了一种算法，以自动确定40倍放大倍率的WSI上的组织区域、无模糊区域和大量红细胞聚集区域，并构建WSI上无模糊显著组织的掩码。然后，它自动校准了血管壁免疫染色的光学密度比和对比染色，并在无模糊组织区域内执行颜色解卷积，在解卷积结果的图像上选择满足双阈值条件的区域来找到血管壁。产生了WSI上的血管壁区域的掩码。最后，微血管密度计算为显著组织面积中被血管壁占据的面积的比例。 我们将此算法应用于186例来自世界卫生组织一到四级儿童脑肿瘤的WSI集合。尽管幻灯片集合非常异质，分割结果质量非常好。每个WSI的计算时间在一台普通计算机上约为几分之一小时。计算得到的微血管密度被发现具有鲁棒性，并与肿瘤分级强相关。 此方法不需要训练，并且可以轻松应用于其他肿瘤类型和其他染色方法。
作者：Christophe Deroulers, Volodia Dangouloff-Ros, Mathilde Badoual, Pascale Varlet, and Nathalie Boddaert
论文ID：1709.02309
分类：Tissues and Organs
分类简称：q-bio.TO
提交时间：2017-09-08