MAGNET: 理解和改善基因组预对准过滤的准确性
摘要：在高通量DNA测序（HTS）技术时代，计算基因组序列之间的编辑距离（即替换、插入和删除的最小次数）是当前读取映射器的计算瓶颈。偏移汉明距离（SHD）算法提出了一种快速筛选策略，可以快速过滤出编辑次数超过允许值的无效映射。然而，SHD在筛选中显示出较高的不准确性，允许将无效映射标记为正确映射。这浪费了执行时间并增加了大量的计算负担。在这项工作中，我们全面研究了导致筛选不准确性的四个原因。我们提出了MAGNET，一种新的筛选策略，它在不同编辑距离阈值和数据集上保持高准确性。它将预对准筛选的准确性提高了一个到两个数量级。MAGNET和SHD的MATLAB实现是开源的，并可在https://github.com/BilkentCompGen/MAGNET上获取。
作者：Mohammed Alser, Onur Mutlu, Can Alkan
论文ID：1707.01631
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2017-08-17