空间甲基化模式形成的随机模型
摘要：DNA甲基化是一种表观遗传机制，其在发育中的重要作用已被广泛认识到。这种表观修饰导致基因表达中不受DNA序列编码的遗传性变化。对于控制DNA甲基化的潜在机制尚有部分了解，最近提出了不同的酶活性机制模型来解释DNA甲基化。我们在现有的DNA甲基化隐藏马尔可夫模型(HMMs)基础上进行了扩展，描述了随时间发生的空间甲基化模式，并提出了几个具有不同邻域依赖性的模型。我们对HMMs应用于亚硫酸盐测序测量的数据进行了数值分析，并准确预测了野生型数据。此外，我们发现酶活性取决于左侧5'邻域，而不取决于右侧3'邻域。
作者：Alexander L"uck, Pascal Giehr, J"orn Walter, Verena Wolf
论文ID：1706.10145
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2017-07-11