基因表达重排标志生物状态变化
摘要：基因表达特征是生物状态的唯一标志。我们研究了当系统的生物状态发生改变时，基因表达分布函数的修改。这种改变可能是由选择性压力引起的，例如在长期进化实验中的大肠杆菌群体中，或者在老年大脑中发生阿尔茨海默病的过程中，或者从正常组织进展到癌症状态的过程中。前两种情况似乎属于一类转变，其中初始状态和最终状态相对接近，且差异表达的分布函数为短程，只有几十个差异较大的基因。而癌症这种情况下，初始状态和最终状态相距较远，并且由一个低适应度障碍物隔开。差异表达分布函数显示出非常重的尾部，有成千上万个被静默或过度表达的基因。我们通过主成分表示来表征生物状态，通过最大和最小差异表达值以及描述尾部的 Pareto 定律的指数来表征表达分布函数。
作者：Augusto Gonzalez, Joan Nieves, Maria Luisa Bringas Vega and Pedro Valdes Sosa
论文ID：1706.09813
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2022-05-19