细菌基因组中插入序列检测和研究的流程
摘要：插入序列（IS）是能够将自身转移到基因组中的小型DNA片段。这种类型的可移动基因元素（MGEs）似乎在基因组重排和原核生物基因组进化中起着重要作用，但处理发现IS的高效准确方法仍然很少且不完全精确。基因注释和功能预测是影响IS发现的两个主要因素。实际上，一些特定的称为“转座酶”的基因是负责产生和催化转座过程的酶，但目前还没有完全准确的方法能够决定给定的预测基因是真正的转座酶还是其他类型的基因。因此，本文的作者旨在设计一种新的用于IS检测和分类的流程，该流程集成了最新开发的工具，包括OASIS（优化注释系统）和ISFinder数据库（已知插入序列的最新准确仓库）。由于ISFinder依赖于预测编码序列，所以该流程还将包括各种类型的细菌基因注释工具（即Prokka，BASys和Prodigal）。然后提出并测试了一个完整的IS检测和分类流程，该流程在23个完整的绿脓杆菌基因组上进行了测试。该流程还可以用作注释工具性能的调查者，得出了Prodigal是IS预测的最佳软件的结论。随后进行了关于P.aeruginosa中IS元素的深入研究，得出了结论：该物种中的近源基因组也具有相似数量的IS家族和群。
作者：Huda Al-Nayyef, Christophe Guyeux, Jacques M. Bahi
论文ID：1706.08267
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2017-06-27