可扩展的连续时间中结合力学和动力学的生物细胞群体建模
摘要：生物学家们已经对细胞内发生的过程有了深入的理解，以至于可以利用预测性计算模型来详细理解重要的生物现象。其中一个关键挑战是将对个体细胞的详细认知推广到以能够解释细胞如何相互作用和响应以及如何与环境互动的群体水平上。特别要理解有机体如何发育、维持和修复功能组织和器官。 本文我们提出了一个新的计算框架，用于建模相互作用细胞的群体。我们的框架采用机械性描述作为细胞群体的构建特征，并使用了粗粒化方法来推导出个体速率规律，从而实现时间上的群体传播。由于其多尺度特性，得到的仿真算法具有极高的可扩展性和高效性。正如在我们的计算例子中所强调的，该框架也非常灵活，可以与细胞内和细胞之间的生化信号的连续时间描述直接结合使用。
作者：Stefan Engblom Daniel B. Wilson and Ruth E. Baker
论文ID：1706.03375
分类：Tissues and Organs
分类简称：q-bio.TO
提交时间：2018-10-26