沿着循环mRNA的最优翻译
摘要：环上的核糖体流动模型（RFMR）是一个确定性模型，用于环化mRNA的翻译。我们推导出了RFMR中最优稳态产量速率和相应的最优稳态核糖体密度的新的谱表示。这种表示具有几个重要优点。首先，它提供了一种简单且数值稳定的算法，可以确定最优值，即使在非常长的环中也可以。其次，它可以高效计算最优产量速率对mRNA转换率的微小变化的敏感度。第三，它意味着最优稳态产量速率是转换率的严格凹函数。因此，在转换率的仿射约束下最大化最优稳态产量速率成为一个凸优化问题，它有唯一解，可以通过高效算法进行数值计算。例如，在重新设计寄生体内外基因时，这个优化问题非常重要。我们描述了我们的结果对翻译的这些方面和其他方面的影响。
作者：Yoram Zarai and Alexander Ovseevich and Michael Margaliot
论文ID：1705.09374
分类：Subcellular Processes
分类简称：q-bio.SC
提交时间：2017-05-29