应用数学家对罗森尼复杂性的视角
摘要：关于罗伯特・罗森开发的高度原创的理论生物学方法用于研究“生命是什么？”这个生物学的根本问题。考虑到罗森广泛运用数学的事实，人们可能会感到惊讶的是，他的想法很少被应用于数学模型中。罗森一方面提倡关系模型，忽略了组成部分的底层结构细节，重点放在生物系统中元素之间的关系上，根据他的座右铭“扔掉物理，保留组织”。罗森对机械模型的强烈拒绝，暗示了他与强形式还原主义有关，这可能使得数学建模者对采用他的想法产生了抵触情绪。另一方面，罗森对他的建模框架（M，R）系统的介绍非常抽象，这使得很难理解这种方法如何应用于具体的生物问题。在本文中，对与罗森的哲学思想相关的数学和工作方面进行了分析。结果表明，罗森的关系模型是一种特定类型的机械模型，具有特定的底层假设，而不是排除机械模型的另一种模型。通过与当前网络生物学文献的比较，研究了关系模型的优点和缺点。最后，文章认为罗森关于生命的定义“有机体对有效因果闭合”的观点应该被视为一个待测试的假设，并提出了如何在数学模型中实现这一假设的想法。
作者：Ivo Siekmann
论文ID：1705.03322
分类：Other Quantitative Biology
分类简称：q-bio.OT
提交时间：2017-08-15