关于从分枝杆菌属（Mycobacterium genus）中重建祖先基因组的能力
摘要：通过过去几十年的技术进展，基因组序列数据的积累变得越来越快且便宜。如今可用的大量分子数据可以帮助解决进化中的新问题。然而，重构DNA序列的进化需要越来越复杂的模型、算法、统计和计算方法。因为大多数基因组变化是由基因重排（基因复制、增减事件）引起的，因此理解它们的机制并重建给定基因组的祖先是至关重要的。即使在三个基因组的“最简单”情况下，这个问题被认为是NP-complete（非确定多项式完全）的。通常执行启发式算法以提供精确解的近似解决方案。我们认为，即使在理论上，祖先重建问题是NP-hard（非确定多项式难解）的，但其确切解决方案在各种情况下是可行的，包括细胞器和某些细菌。这项正在进行中的工作将开展准确的重建，以确定某些高度同形的突变，其祖先状态是不可确定的，以重建两种结核分枝杆菌的祖先基因组。通过在明显情况下自动重建，并针对指出的问题情况进行人工干预，我们将指出实现对结核分枝杆菌复杂线条的具体、完整和真正准确的重建应该是可能的。因此，可以研究这些基因组是如何从它们的最后共同祖先进化而来的。
作者：Christophe Guyeux and Bashar Al-Nuaimi and Bassam AlKindy and Jean-Franc{c}ois Couchot and Michel Salomon
论文ID：1705.00276
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2017-05-02