基于过滤空格词匹配的基因组对齐锚点
摘要：基因组序列的对齐是计算基因组分析中的基本任务。大多数基因组对齐方法使用高得分的局部对齐作为锚点，以减少对齐过程中的搜索空间。因此，这些方法的速度和质量取决于底层的锚点。在本文中，我们提出使用过滤后的间隔单词匹配来计算基因组对齐的锚点。为了评估这种方法，我们在广泛使用的基因组对齐流程Mugsy中使用了这些锚点。对于远缘相关的序列集，我们可以显著提高Mugsy产生的对齐质量。
作者：Chris-Andre Leimeister, Thomas Dencker, Burkhard Morgenstern
论文ID：1703.08792
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2017-03-28