大规模直接耦合分析揭示同源寡聚体蛋白界面的共进化信号
摘要：通过全局统计的直接耦合分析（DCA），追踪残基共进化，我们研究了同源寡聚体界面。DCA可以准确地推断残基之间的空间邻近关系。这些邻近关系可以作为结构预测技术中的约束条件，用于预测高分辨率模型。通过利用序列数据库的持续指数增长，我们在近2000个具有足够序列信息和结构解析的PFAM蛋白质家族中进行了大规模系统研究。我们发现DCA通常能够识别出大界面。我们进一步证明DCA能够区分同一大PFAM家族中具有不同结合模式的亚家族。亚家族的序列导出的接触信息足以组装出准确的多样化蛋白质寡聚体结构模型。因此，我们提供了一种研究任意蛋白质家族寡聚化的方法，可以得到与往往困难的实验方法相互补充的结构模型。结合越来越丰富的序列数据，我们预计这项研究将对未来许多异体蛋白质复合物的结构描述起到重要作用。
作者：Guido Uguzzoni, Shalini John Lovis, Francesco Oteri, Alexander Schug, Hendrik Szurmant, Martin Weigt
论文ID：1703.01246
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2019-10-07