一个广义线性模型用于分解与等位基因特异性基因表达相关的顺式调控、亲本起源和母源效应
摘要：基因与表观遗传效应对基因表达的联合定量化对于理解生物体中复杂基因调控系统的建立是重要的。特别是在哺乳动物和开花植物的发育过程中，基因组印迹和母源效应起着重要作用。然而，这些效应对基因表达的影响很难定量化，因为它们同时与顺式调控突变发生作用。在这里，我们提出了一种简单的方法，利用从互交叉得到的RNA-seq数据，将顺式调控（即等位基因型，AG）、基因组印迹（即起源父本，PO）和母源（即母本基因型，MG）效应分解为等位基因特异基因表达。我们用模拟数据集评估了该方法的效率，并将该方法应用于整个果蝇和小鼠滋养层干细胞（TSC）和肝脏的RNA-seq数据。与先前的研究一致，我们发现成年果蝇样本中几乎没有PO和MG效应的证据。相反，我们发现数十个小鼠基因具有显著的PO效应，数百个基因具有显著的MG效应。有趣的是，小鼠TSC和肝脏中检测到的具有显著PO效应的基因数量相似，而具有显著MG效应的基因在肝脏中更多。进一步应用该方法将阐明这三个效应如何影响不同组织和发育阶段的基因表达水平，并为基因表达调控进化提供新的见解。
作者：Yasuaki Takada, Ryutaro Miyagi, Aya Takahashi, Toshinori Endo, and Naoki Osada
论文ID：1701.06776
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2017-05-24