癌症常见和特异驱动基因集的发现
摘要：肿瘤是由基因突变引起的一种疾病。发现突变的驱动基因通路或基因集是理解癌症发生分子机制的重要步骤。然而，系统地研究多种癌症类型中的驱动基因集的共同性和特异性仍然是一个巨大的挑战，但这种研究无疑将有益于解读癌症，并有助于个体化治疗和精准医学的癌症治疗。在本研究中，我们提出了两个优化模型，用于在多种癌症类型中发现共同的驱动基因集（ComMDP）和一个或多个癌症类型的特定驱动基因集与其他癌症（SpeMDP）的优化模型。我们首先将ComMDP和SpeMDP应用于模拟数据以验证其效率。然后，我们进一步将这些方法应用于来自The Cancer Genome Atlas（TCGA）的12种癌症类型，并获得了几个具有生物意义的驱动通路。作为示例，我们构建了BRCA和OV的常见癌症通路模型，基于BRCA的共同驱动基因集与其他八种癌症类型，推断了BRCA的复杂驱动通路模型，并研究了液体癌症淋巴母细胞性急性髓系白血病（LAML）与其他实体癌症类型的特定驱动通路。在这些过程中还发现了更多候选的癌症基因。
作者：Junhua Zhang and Shihua Zhang
论文ID：1612.09478
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2017-01-02