杆菌属（Serratia）的泛基因组分析
摘要：铁杆全基因组分析揭示了细菌物种基因组异质性和多样化的标准流程。物种演化通过定义和比较与其他感兴趣的菌株的核心（保守）、附加（可有可无）和独特（株特异）基因库来追踪。在这里，我们提出了对Serratia属的全基因组分析，包括一个包含100个基因组的数据集。这些分离物具有临床到环境的来源，并由该属的十个不同物种以及Serratia marcescens代表菌株的两个亚种组成。在数据集中，19430个非冗余编码DNA序列（CDS）中，有972个（5\%）属于核心基因组。这些基因中的大多数与代谢功能相关，其次是细胞过程/信号传导、信息存储/处理，而其余的则鲜为人知。10135个CDS（52.16\%）与可有可无的基因组相关，而8321个CDS（42.82\%）是单态或菌株特异。全基因组拟态物指示与基因组数目呈正相关，而与核心基因组呈负相关。基因组被对齐以获取关于合成、插入/倒位、删除和复制的信息。这项研究揭示了Serratia物种的变异，并为在属水平上进行其他细菌物种的全基因组分析铺平了道路。
作者：Zarrin Basharat, Azra Yasmin
论文ID：1610.04160
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2016-10-14