基因组重排中的位置和内容范式：基因组学中的排列世界
摘要：基因组重排事件的建模者找到了在排列语言中的自然语法，其中DNA片段被倒置、移动、交换，甚至插入或删除。尽管如此，对于建模选择、假设和解释范围的广泛性使得阅读文献成为一项巨大的挑战。事实上，即使是使用排列来建模基因组重排的论文的作者们也可能难以解释彼此的研究，因为常常有微妙的基本假设差异，并且这些差异通常根深蒂固（因此有时甚至未被提及）。在本文中，我们描述了排列在模拟基因组和基因组重排事件中的不同使用方式，介绍了每种方法的一些特征和限制，并展示了各种模型之间的关联。本文将帮助研究人员在基因组重排模型领域中进行导航，并使作者们更容易呈现清晰一致的模型。
作者：Sangeeta Bhatia, Pedro Feij~ao, Andrew R. Francis
论文ID：1610.00077
分类：Other Quantitative Biology
分类简称：q-bio.OT
提交时间：2016-10-04