巨细胞病毒对人类异体反应性肽段的抗原模拟：移植物抗宿主病的潜在触发因素
摘要：人类巨细胞病毒（hCMV）复活与移植物抗宿主病（GVHD）的发展之间存在关联。对77个移植供受者配对（HLA匹配的无关供体（MUD），n = 50；匹配的相关供体（MRD），n = 27）进行了全外显子测序，以识别产生特异性核苷酸多态性（SNPs）的peptide-HLA复合物，生成每个配对的异源反应性肽段库（9-mer peptide-HLA复合物）。从NCBI编译了人类CMV跨反应开源序列（Cross-Reactive Open Source Sequence）数据库；利用NetMHCpan 2.8计算了每个配对的HLA I类结合亲和力，并通过算法比较hCMV衍生的9-mer肽段与异源反应性肽段-HLA复合物库。考虑HLA结合肽段（IC50 <500nM）跨反应的hCMV与受体肽段之间的短连续（6个或更多）氨基酸（AA）序列同源性匹配。在hCMV CROSS数据库中，共包含70,686个hCMV 9-mer，其中29,658.8 ± 9038.5与MRD DRP异源反应性肽段匹配，52,910.2 ± 16121.8与MUD DRP肽段匹配（Student's T-test，p <0.001）。体外分析揭示了多个高亲和力、免疫原性的CMV-人类肽段匹配（IC50 <500nM），以GVHD受影响的组织特异性方式表达（蛋白质表达量大于等于10 RPKM）。在18名患者中发现hCMV + GVHD情况，其中13名在GVHD发病前出现hCMV病毒血症，亚组分析显示7例hCMV病毒血症在急性GVHD发病前（n = 3）、慢性GVHD（n = 2）和急性+慢性GVHD（n = 2）中，表明影响器官内存在交叉反应性肽段表达。我们提出，基于我们的分析和初步的临床相关性，hCMV免疫交叉反应可能引发GVHD，导致人类异源反应性肽段的抗原模仿。
作者：Charles Hall, Vishal Koparde, Max Jameson-Lee, Abdelrhman Elnasseh, Allison Scalora, Jared Kobulnicky, Myrna Serrano, Catherine Roberts, Gregory Buck, Micheal Neale, Daniel Nixon, and Amir Toor
论文ID：1607.08444
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2016-07-29