夫妻间的转录相似性揭示了共享环境和生活方式通过改变胞嘧啶对基因调控的影响
摘要：基因表达是一个复杂而定量的性状，受遗传和非遗传调节因子（包括环境因素）的影响。评估环境对基因表达调控的贡献，并确定哪些基因更容易受环境因素影响，对于理解人类复杂性状非常重要。我们假设，通过作为夫妻生活在一起，可能存在常共调控基因，这些基因可能反映了共享的生活环境（如饮食、室内空气污染物、行为生活方式）。来自国际国际单体基因图计划非相关非洲祖先夫妻（尼日利亚伊巴丹约鲁巴人）的淋巴细胞系(LCLs)，为我们提供了一个独特的模型，通过比较丈夫和妻子之间的基因表达水平，来描述夫妻间的基因表达模式。令人惊讶的是，在5\%的假发现率(FDR)下，发现778个基因在夫妻间的方差要比随机个体对之间的方差小得多。由于在一般的人群中，非相关家庭成员之间的遗传变异是相同的，假设一个随机配偶社会，观察到的转录相似性很可能是由非遗传因素（如表观遗传系统）介导的。因此，我们评估了那些在夫妻间显示转录相似性的基因中修改的胞嘧啶对这些CpG位点与其他基因调控元素（如转录因子结合位点）的关系进行了评估。我们的研究结果表明，夫妻间的转录相似性很可能部分地反映了通过胞嘧啶修饰介导的共享环境。
作者：Ke Tang and Wei Zhang
论文ID：1605.07488
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2019-06-27