功能相关基因的超级操作子团簇（SOCs）是水平基因共转移的来源
摘要：细菌的适应主要通过水平基因转移（HGT）发生。尽管众所周知水平获得经常涉及多个基因，但目前不清楚成功转移的DNA片段的大小分布以及哪些进化力量塑造了这种分布。在本研究中，我们鉴定出1790个基因家族对，这些对在53株大肠杆菌的系统发育树中的相同分支上始终共同获得。我们估计了它们在被转移到宿主基因组时的基因组距离的下限；这个分布在30 kb处有一个明显的上限。同样的基因对在其他基因组中可能有较大的距离（最多70 kb）。这些更远的基因对很可能代表了通过转导涉及切除的潜伏噬菌体基因的共同转移，因为它们几乎总是与介导噬菌体的基因相连。观察到的共同转移基因的基因组距离分布比基于基因共转移的模型预期的要广泛得多；相反，这个分布与上级操作元簇（SOCs）的大小分布高度一致，SOCs是一组超出操作元的共存和共功能基因。因此，我们提出SOCs形成了水平基因转移的基本单元。
作者：Tin Y Pang, Martin Lercher
论文ID：1602.07266
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2016-11-16