功能性转录因子靶点的发现：基于结合和表达谱系的综合研究
摘要：通过基因组范围的实验来确定转录相关因子（TF）的DNA结合位置，发现与TF结合的基因数量远远超过了可能的直接靶基因数量。因此，在转录调控研究中，区分功能性和非功能性结合是一个主要挑战。我们假设通过在多个实验条件下相关结合和表达谱可以发现功能性目标。为了验证这一假设，我们从人类ENCODE资源中获得了匹配细胞类型的ChIP-seq和RNA-seq数据，考虑了邻近启动子和远程累积调控模型将结合位点映射到基因，使用线性和非线性的测量方法来相关结合和表达数据。我们发现，基因的TF结合和表达谱之间的高度相关性更能预测在TF敲除后基因是否发生差异表达，相比仅在感兴趣的细胞类型中使用结合位点。令人惊讶的是，通过在一系列细胞类型上进行相关性预测的TF目标也能预测其他细胞类型的功能性目标。最后，在ChIP-seq和RNA-seq实验的时间序列中相关性也能预测该组织中的功能性TF目标。
作者：Christopher J. Banks, Anagha Joshi, Tom Michoel
论文ID：1512.05573
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2022-11-29