Minimap和miniasm：用于嘈杂长序列的快速映射和全新组装
摘要：长读取错误率高达10-15％，需要复杂且计算密集的数据处理流程。本文介绍了一种高效的映射器minimap和一种新的de novo装配器miniasm，可以在没有错误校正阶段的情况下进行SMRT和ONT读取的映射和装配。它们通常可以在几分钟内将细菌数据的测序运行装配为单一contig，并以9分钟的速度对45倍C. elegans数据进行装配，比现有流程快几个数量级。此外，还介绍了一种成对读取映射格式（PAF）和图形化片段装配格式（GFA），并展示了与现有工具之间的互操作性。
作者：Heng Li
论文ID：1512.01801
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2017-08-07