DNA 强烈弯曲的粗粒度建模 II：环化
摘要：DNA环化是一种强大的技术，可以帮助我们了解DNA弯曲的本质。虫样链模型对于小到中等程度的弯曲波动提供了良好的描述，但一些弯曲较强的较短分子的实验表明，其灵活性超出了虫样链所预期的范围。在这里，我们使用DNA的粗粒化模型来研究长度小于210个碱基对的DNA环化的热力学性质。随着分子变短，我们发现我们计算得到的平衡j因子与Shimada和Yamakawa的虫样链预测之间出现越来越大的偏差。这些偏差是由于在缺口处首先出现尖锐的弯曲，然后才出现在双链体的主体部分。在最短的长度下，双链体域末端的大量断裂是主要的松弛方法。我们还估计了近期FRET实验中测得的动力学j因子。我们发现动力学j因子比其平衡对应物要大，而对于较短的分子，偏差更大，因为在过渡态中并不包含在完全环化状态中存在的所有应力。这些观察结果对于对最近的实验结果的解释非常重要，因为只有在双链体的主体部分内发生弯曲才真正表明非虫样链行为。
作者：Ryan M. Harrison, Flavio Romano, Thomas E. Ouldridge, Ard A. Louis and Jonathan P.K. Doye
论文ID：1506.09008
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2021-12-03