病毒壳聚集的随机动力学：直接与分层自组装
摘要：病毒的结构是其能够在宿主细胞内复制的关键。为了能够在体外重新组装，许多病毒已经发展出了自组装策略，这些策略足够强大。病毒自组装的数学模型通常假设在组装过程中，导致病毒聚集的键具有恒定的反应性（直接组装）。然而，在某些情况下，据报道在病毒组装过程中，胶囊体上的结合位点会被激活（分级组装）。为了研究分级组装对二十面体病毒胶囊组装的潜在优势，我们使用粒子贴片模型的布朗动力学模拟，在组装过程中可以打开和关闭结合位点。对于T1病毒，我们实现了一种分级组装方案，即只有在完整的五聚体被组装完成后，胶囊体之间的连接键才变得活跃。我们发现，对于可逆键而言，直接组装对于重复结构重组是有利的，而对于具有小离解速率的强键而言，分级组装是有利的，因为这种情况不太容易被动力困扰。然而，在最后阶段，分级组装更容易出现单体饥饿情况。增加初始单体的数量对这些一般特征几乎没有影响。对于更复杂的病毒形状，两种组装方案之间的差异更加明显，比如T3病毒，该病毒通过分级组装结合均匀五聚体和异构六聚体。为了补充这种更复杂情况的模拟，我们引入了主方程方法，其与模拟结果相一致。
作者：Johanna E. Baschek, Heinrich C. R. Klein and Ulrich S. Schwarz (Heidelberg University)
论文ID：1502.00156
分类：Subcellular Processes
分类简称：q-bio.SC
提交时间：2015-02-03