人类T细胞受体基因座的组织
摘要：人类T细胞受体（TCR）基因重组是通过对T细胞受体（TCR）基因中的可变（V）、多样性（D）和连接（J）片段进行重新排列生成的。为了确定TCR基因片段的结构顺序是否对观察到的克隆频率有影响，对TCR基因座的自相似性和周期性进行了检查，以了解基因片段的组织情况。将数字序列顺序进行对数变换后，发现无论是T细胞受体α（TRA）还是β（TRB）基因座的V和J基因片段，在考虑相邻片段间的间距与相邻基因片段的大小之间的关系时，都以自相似的方式排列。无论是TRA基因座中J片段还是TRB基因座中D片段与连续的V片段之间的基因组距离，都呈对数下降。考虑到基因片段出现在螺旋状DNA分子上，在对数分布中，对TCR基因片段连续的起始和终止核苷酸的对数转换的角度坐标的正弦和余弦函数显示出基因片段之间有序的进展，支持对数周期性组织。基于V和J片段的T细胞克隆频率，从三个正常干细胞供体中绘制在TRB基因座上的对应片段位置，显示出周期性变化。我们假设T细胞克隆库中的这种准周期性变化可能受到基因片段在对数缩放的TCR基因座上的位置的影响。DNA双螺旋中的两股DNA之间的相互作用可能通过两个螺旋的叠加引起的构造或破坏性干涉，影响DNA重组的概率。
作者：Amir A. Toor, Abdullah A. Toor, Masoud H. Manjili
论文ID：1501.00717
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2019-12-17