解析真核细胞的调控：从序列到功能
摘要：DNA序列分析的计算方法的发展和应用一直是我研究的一个横向主题。我所开发的方法旨在提高我们对正常细胞和癌细胞中发生的调控过程的理解。这个主题连接了本论文中所提出的项目。论文的两个章节代表了我研究兴趣的主要领域：(1)解密转录调控的方法及其在回答特定生物学问题方面的应用，(2)研究基因组结构的方法及其在癌症研究中的应用。第一章主要关注转录调控。在这里，我描述了我在发现转录因子结合位点和组蛋白蛋白定位方法方面的贡献。我还解释了如何通过序列分析结合基因表达数据，可以确定研究的转录因子的直接靶基因，以及其作用的物理机制。作为两个例子，我提供了我在Ewing肉瘤中致癌蛋白EWS-FLI1的转录调控研究和红细胞白血病中致癌转录因子Spi-1/PU.1中的研究结果。在第二章中，我描述了用于鉴定已有参考基因组物种中基因组重排的序列分析方法。我解释了如何将开发的方法应用于检测癌症基因组的结构。我提供了一个例子，说明肿瘤基因组的这种分析可以发现一个新现象：染色体断裂，在一个细胞灾难中发生了数百次重排。论文以列举高通量测序分析中的主要挑战来结束。我还讨论了当前需要整合测序数据的热门问题。
作者：Valentina Boeva
论文ID：1409.6661
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2014-09-24