六边形棱柱格点上的蛋白质折叠
摘要：使用晶格模型预测蛋白质的二级结构是生物信息学中研究最多的计算问题之一。在这里，通过蛋白质的氨基酸序列预测其二级结构或三维结构。二级结构是指蛋白质的局部亚结构，主要有α螺旋和β折叠片段。由于该问题具有巨大的潜在复杂性，文献中提出了许多简化的能量模型，基于蛋白质中氨基酸残基的相互作用。在本文中，我们使用了经过充分研究的亲疏水（HP）能量模型。在这篇论文中，我们提出了具有对角线的六角柱晶格结构，可以解决其他晶格结构（如奇偶问题）的问题。我们给出了在该晶格上进行蛋白质折叠的两种近似算法。我们的第一个算法使我们得到了螺旋结构中常见的类似结构。这激励我们寻找下一个算法，以改善算法比率为9/7。
作者：Dipan Lal Shaw, M. Sohel Rahman, A. S. M. Sohidull Islam and Shuvasish Karmaker
论文ID：1407.4650
分类：Computational Engineering, Finance, and Science
分类简称：cs.CE
提交时间：2014-07-18