鸟类非编码RNA位点的保护和损失
摘要：48种鸟类基因组中的非编码RNA位点进行了大规模的生物信息学注释研究。我们的方法使用了Rfam数据库中手工编辑的家族的概率模型，推断出每个鸟类基因组中保守的RNA家族。我们通过tRNA注释工具tRNAscan-SE和miRBase中的microRNA的预测来补充这些注释。我们发现一些与长非编码RNA相关的位点在鸟类和哺乳动物中是保守的，包括一些有趣的情况，其中报道的哺乳动物lncRNA功能在鸟类中不保守。我们还证明了经典非编码RNA（例如tRNA）和近期发现的非编码RNA（例如snoRNA和miRNA）在鸟类中存在广泛保守性。此外，我们描述了数个RNA家族的"丧失"，并将其归因于真正的丧失、分化或数据缺失。特别是，我们表明这些丧失中的许多是由于组装鸟类微染色体的困难所导致的。这些综合结果说明了将同源性方法应用于注释新的脊椎动物基因组的实用性。
作者：Paul P. Gardner, Mario Fasold, Sarah W. Burge, Maria Ninova, Jana Hertel, Stephanie Kehr, Tammy E. Steeves, Sam Griffiths-Jones and Peter F. Stadler
论文ID：1406.7140
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2014-06-30