胚胎干细胞中独特于人类的调控序列的鉴定和表征揭示了与可移动元件、远端增强子、非编码RNA和DNA甲基化驱动的基因组编辑机制的关联
摘要：人类基因组的结构和功能表征取得了显著进展，但对于人类表型特异性的遗传基础机制的理解仍然有限。我们报道了非随机分布的转座子元素派生序列与胚胎干细胞基因组中与人类转录因子结合位点的99.8％独特性之间的关联，其中最显著的是HERV-H/LTR7和L1HS。4094个人类特异的调控位点显示出关键调节因子（NANOG，POU5F1，CTCF，Lamin B1）的选择性和特定的结合，并且优先放置在在胚胎干细胞中超甲基化的转录活跃DNA片段的矩阵中。与人类NANOG结合位点相关的独特位点在灵长类动物中与快速进化的编码蛋白质基因、调控大脑大小的多能性lncRNA、hESC增强子和邻近结合位点上方的5-羟甲基胞嘧啶富集区域中富集。我们提出了一个近距离放置模型，解释了NANOG和POU5F1蛋白质在DNA支架上固定的33-47％过量如何在远离的调控元素中发挥功能角色。
作者：Gennadi Glinsky
论文ID：1404.1057
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2014-04-04