基于多维分子替代的重原子相位启动
摘要：从大分子晶体获得电子密度图需要解决相位问题，这通常涉及使用重金属派生晶体，并同时确定重原子亚结构。这通常是通过直接方法或基于帕特森(pattern)的方法完成的，然而当只有精度较低的衍生晶体可用时，例如膜蛋白，这些方法可能会失败。在这里，我们提出了一种基于分子替代参数矩阵(MRPM)搜索的重原子位点鉴定方法。它涉及对各种分子替代参数进行n维搜索，例如不同构象的团簇。结果的评分是由它能否以费托四极差傅里叶图(identity-heavy-atom positions from anomalous difference Fourier maps)识别重原子位置来确定有意义的相位。该策略成功应用于一个膜蛋白结构的确定中，即CopA Cu+-ATP酶，其他方法未能解析重原子亚结构。MRPM特别适用于蛋白质发生大的构象变化的情况，在这种情况下应该生成多个搜索模型，它可以识别出弱但正确的分子替代解决方案，与其他实验相位化工作形成最大对比。
作者：Bj{o}rn Panyella Pedersen, Pontus Gourdon, Xiangyu Liu, Jesper Lykkegaard Karlsen, Poul Nissen (Centre for Membrane Pumps in Cells and Disease, Dept. of Molecular Biology, Aarhus University)
论文ID：1403.7484
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2018-08-20