基于FPGA硬件加速的肽鉴定中的面积优化研究
摘要：生命科学在过去几十年中取得的进展导致产生了大量的生物数据。计算研究已成为推动生物发现的重要组成部分，涉及生物数据的分析和分类。字符串匹配算法可以应用于蛋白质/基因序列匹配，并且随着要分析的字符串数据库的规模急剧增加，这些算法的软件实现似乎已经达到了一个难以突破的限制，于是人们越来越多地寻求硬件加速。FPGA、GPU和CMP等多种硬件平台正在作为硬件加速的探索对象。在本文中，我们对字符串匹配算法的硬件加速文献进行了全面的概述，我们采用FPGA硬件探索，并通过设计自动化技术加快了设计时间。此外，我们的设计自动化还针对更好的硬件利用率进行了优化，通过优化FPGA瓦片中可表示的肽段数。结果表明，在设计时间和硬件利用率方面取得了显著的改进，本文对此进行了报道。
作者：S. M. Vidanagamachchi, S.D. Dewasurendra, R. G. Ragel and M. Niranjan
论文ID：1403.7296
分类：Computational Engineering, Finance, and Science
分类简称：cs.CE
提交时间：2014-03-31